El plan de estudios propuesto para el Doctorado en Agua y Energía está conformado por ocho asignaturas y administración por créditos.
La asignación de créditos a cada curso o unidad de aprendizaje se hará con base en la carga horaria global del curso, de acuerdo con el Reglamento General de Estudios de Posgrado de la Universidad de Guadalajara. Se entenderá por actividad de aprendizaje toda acción en la que el estudiante participe con el fin de adquirir los conocimientos o habilidades requeridos en el plan de estudios. Se definen dos tipos de actividades de aprendizaje:
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Bajo la conducción de un académico (BCA), en espacios internos de una institución, como aulas, talleres, laboratorios o en espacios externos o virtuales.
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Administradas de manera independiente (AMI), sea en espacios internos, externos o virtuales, fuera de los horarios de clase establecidos y como parte de procesos autónomos vinculados a la asignatura o unidad de aprendizaje.
Para obtener el grado académico, será necesario que el estudiante complete 152 créditos. A continuación se muestra el plan de estudios por semestre: